Nama "Batu Mirah" diyakini berasal dari dua kata dalam bahasa Jawa: "Batu" yang berarti batu dan "Mirah" yang berarti permata. Ada yang berpendapat bahwa nama ini mencerminkan keberadaan batu permata di wilayah tersebut, meskipun tidak ada bukti fisik yang mendukung klaim ini. Namun, nama tersebut tetap melekat sebagai identitas desa. Di Desa Batumirah juga terdapat Salah satu situs bersejarah yaitu makam Syekh Syarif Abdurrahman yang terletak di Gunung Cepu. Syekh Syarif Abdurrahman konon merupakan sepupu dari Sunan Gunung Jati, tokoh penyebar agama Islam di Jawa Barat. Makam ini menjadi tempat ziarah bagi umat Islam, terutama saat Haul yang jatuh pada bulan Rabi'ul Awal. Sebelumnya, gunung ini dikenal dengan nama Puntuk Darlim, namun setelah makam tersebut dibuka untuk umum pada tahun 2003, nama gunung ini berganti menjadi Gunung Cepu .

Sejarah Desa Batu Mirah mencerminkan perpaduan antara tradisi, agama, dan potensi alam yang dimiliki. Meskipun beberapa aspek sejarahnya masih menjadi misteri, desa ini tetap menjadi bagian penting dari warisan budaya dan sejarah Kabupaten Tegal.